乾隆帝从容布阵。他先调兵遣将，谕令驻藏大臣雅满泰保护好年幼的班禅；谕令川督李世杰、提督成德率绿营兵4000人赴藏作战；谕令建昌镇总兵穆克登阿率满洲兵500赴藏作战；谕令成都将军鄂辉备兵3000人，随时响应。接着，筹备粮草，由于路途遥远，内地供应困难，转由藏地采买，并鼓励达赖、班禅出存粮，支援战事。
为了保护达赖和班禅，乾隆帝指示：一旦廓尔喀侵入前藏，即将二位大喇嘛转移到青海安全地方，以免受到惊扰。同时，谕令驻藏大臣庆麟、雅满泰发布檄文，晓谕廓尔喀识务撤军。为了确保圣意的贯彻，派出钦差大臣巴忠迅速入藏，主持西藏军务。布置完这一切，乾隆帝静候佳音。
这场战争，仅仅持续了三个月，至九月，战火停熄，双方达成协议：西藏噶隆每年交给廓尔喀元宝300锭，廓尔喀便交出聂拉木、济陇、宗喀三地。这个协议，先是西藏噶隆代表出面，与廓尔喀商议，后来，又经驻藏大臣、钦差大臣同意，达成了一致的意见。
