长孙无忌力言仁义为大治的根本，其他无妨，于是太宗便下诏立第九子晋王李治为太子，入居东宫。
东宫接近后宫，从此媚娘与太子来往得更密切了。王妃平日暗地留意，也撞到过几次，但感谢当初媚娘的指点，使他们夫妇得有今日，就也睁一眼闭一眼。
公元649年3月，一场痢疾让太宗皇帝病倒在床，于是召太子李治到金液门代理国事。两个月后，太宗驾崩于长安宫中的含风殿，太子李治奉遗诏，由褚遂良、长孙无忌受太宗临终顾命，扶太子接位，称高宗。
太宗另有遗诏，令先朝诸嫔媵，凡承恩过的，一律出宫为尼，武媚娘于是被遗诏逼迫，也随着众妃嫔出了宫，削发为尼。媚娘住在水仙庵，高宗嘱咐内侍，凡是水仙庵中的器用服食，格外供应丰美。又不时打发心腹内侍拿奇珍异宝赐与媚娘。
高宗即位后，照礼册立王妃为皇后，又立贵妃、淑妃、德妃、贤妃、昭仪、昭容、昭嫒、修仪、修容、修嫒、充仪、充容、充嫒、婕妤、美人、才人共二十七世妇，又立宝林、御女、采女各二十七人，合八十一御妻，内中虽有几个也得高宗宠爱，但比之媚娘那种旖旎姿态、艳冶风光，还是天凡之隔。可媚娘毕竟已是奉召出家的尼姑，两人此时也是天凡之隔。